Apesar da maioria das captações da CAERD ocorrerem em mananciais superficiais, há casos em que a perfuração de poços é necessária para atendimento de determinadas comunidades, seja devido a indisponibilidade hídrica superficial, devido a demanda por volume de água ser menor ou até mesmo em virtude da qualidade da água local.

Sendo assim, para a utilização de poços para o abastecimento público é necessário passar por todos os processos administrativos para seu licenciamento ambiental e obtenção de outorga para captação de água.

A Outorga para mananciais subterrâneos é emitida pela SEDAM, órgão estadual competente, e depende de projetos e estudos hidrogeológicos desenvolvidos por técnicos habilitados, assim como monitoramento da qualidade da água.